В соответствии с приказами Федерального агентства по недропользованию от 22.01.2013 № 35, от 15.02.2013 № 156, от 08.08.2013 № 683 «Об утверждении Плана проведения комплексных проверок территориальных органов и подведомственных организаций Федерального агентства по недропользованию на 2013 год» на 19.08.2013 проведены 6 проверок территориальных органов, подведомственных учреждений и предприятий Роснедр:
1) Департамент по недропользованию на континентальном шельфе и Мировом океане;
2) ФБУ «ТФГИ по Центральному федеральному округу»;
3) ФГУ НПП «Аэрогеология»;
4) Ханты-Мансийский филиал ФБУ «ТФГИ по Уральскому федеральному округу»;
5) ФГУП «ВНИГРИ»;
6) ФГУП «Геологоразведка».
По результатам проведенных проверок крупных нарушений финансовой дисциплины и неисполнения возложенных функций и полномочий не выявлено. Имеются ряд нарушений в области использования федерального имущества, переданного для осуществления своей деятельности, организации бухгалтерского учета.
Во все территориальные органы и подведомственные организации направлены рекомендации о проведении дополнительных мероприятий в области использования федерального имущества, переданным для осуществления своей деятельности, организации бухгалтерского учета.